A l’automne 1944, les Milices patriotiques deviennent l’un des enjeux de l’affrontement du PCF avec le général de Gaulle. C’est alors qu’elles sont créées dans l’Yonne. La stratégie du Parti balance entre la reconnaissance du pouvoir officiel du général de Gaulle et la création d’un rapport de force qui lui soit favorable et lui permette éventuellement de prendre le pouvoir. Les Milices patriotiques, mais aussi dans certaines régions les Comités de libération et les FFI pourraient en être les moyens. En septembre 1944, le PCF essaie de légitimer les Milices et de leur donner un statut. Elles seraient armées et disposeraient d’un droit de perquisitions et d’arrestations. Le gouvernement s’y oppose. Néanmoins, le Comité central du Parti communiste envoie des instructions aux Fédérations afin qu’elles poussent à la constitution de Milices patriotiques, là où elles n’existent pas, ce qui est le cas dans l’Yonne. C’est le Commissaire aux effectifs régionaux des FTP, c’est à dire le responsable départemental qui s’en voie confier la charge. 

La Fédération de l’Yonne du parti communiste propose la candidature de Robert Loffroy au Comité départemental de Libération qui accepte. Une fois constituées, leur siège installé à Auxerre, les Milices cherchent à se faire reconnaître par le CDL et y parviennent grâce à A. Niel qui est membre du PCF et président de la commission d’action immédiate du CDL. Elles ne sont pas reconnues par le préfet, et quand elles arrêtent l’Inspecteur d’Académie sur ordre du CDL, le préfet fait emprisonner les deux capitaines qui dirigent la Milice auxerroise avant d’accepter de les relâcher. R. Loffroy reste capitaine FFI mais il est déchargé de ses fonctions de commandant de compagnie. Il devient commandant départemental des Milices patriotiques. Il n’est pas enthousiaste. Il estime que la Fédération de l’Yonne du PCF a appliqué « mécaniquement » les instructions venues du Comité central. « Pour moi, (…) la prédominance du parti sur n’importe qu’elle autre autorité était indiscutable. C’est donc en militant discipliné que j’acceptai cette responsabilité ». Il constitue quelques sections des Milices patriotiques à Auxerre, Migennes, Sens, Tonnerre. Il est conscient de l’inutilité de cette nouvelle institution au regard de ses objectifs officiels. Il recrute des hommes qui n’ont pas été des résistants et qui sont mal acceptés par la population. « L’existence de ces milices sur lesquelles couraient toutes sortes de légendes tenaces (…) comme un possible embryon d’Armée rouge alimentait une sournoise mais efficace campagne anticommuniste » constate R. Loffroy. Les services des Renseignements généraux affirment en effet que la population s’inquiète de voir armer des formations aux « fonctions mal définies » dont beaucoup de membres ne sont pas connus pour avoir été résistants. Dans les campagnes de Puisaye, la lutte contre le marché noir prend des allures de lutte anti-paysanne, de revanche de l’ouvrier citadin sur le paysan profiteur. 

Le 28 octobre 1944, le général de Gaulle exige la dissolution des Milices patriotiques. La tension avec le Parti communiste est au plus fort. Le Parti ne cède pas. Dans l’Yonne, le Conseil départemental des Milices patriotiques lance le lendemain un appel à s’enrôler pour « la défense de l’ordre public (…), le dépistage des miliciens (…), la protection des biens et des personnes, la lutte contre le marché noir (…) la lutte contre le sabotage de la Défense nationale (…) la lutte contre les atteintes au moral de la Patrie ». Le choix même du terme « Milices » était particulièrement maladroit car il rappellait de façon fâcheuse la Milice vichyste qui sévissait pendant l’Occupation. C’est pourquoi les responsables communistes décident en novembre 1944 de remplacer ce terme par celui de Gardes patriotiques, puis de Gardes civiques républicaines. Dans un communiqué du 7 novembre, elles appellent « tous les Patriotes de l’Yonne », « à les soutenir énergiquement et à rejoindre leurs rangs ». 

La tension est forte entre les autorités départementales et le PCF. Début novembre, les Milices comptent 200 membres à Auxerre, quelques dizaines dans les autres villes du département. Loffroy en abandonne le commandement à ses deux adjoints, Charles Vivet et Georges Toussaint quand il rejoint son unité en décembre 1944. Le PCF est conscient d’un rapport de force qui évolue en faveur du général de Gaulle. Il finit par céder. Thorez appelle à la dissolution des Milices patriotiques lors du congrès du PCF, réuni à Ivry du 21 au 23 janvier 1945. Le préfet de l’Yonne s’efforce de donner une grande publicité à ce discours et estime qu’il « est probable que les partisans des Milices patriotiques, ainsi désavouées par leur propre chef, vont reconnaître que leur thèse n’est plus soutenable ». 

Sources : ADY, 1 W 26, 61 W 49 et 61 W 50 (rapports préfectoraux) ; 1 W 85 et 1 W 319 (rapports des Renseignements généraux).  Loffroy Robert, Mémoires d’un résistant et militant communiste de l’Yonne, ARORY, 2014. Buton Philippe, La France atomisée in Azéma J.-P. et Bédarida F. (sous la dir. de), La Frances des années noires, Tome 2, Paris, Le Seuil, 1993. Buton Philippe, L’Etat restauré, in Azéma J.-P. et Bédarida F. (sous la dir. de), La France des années noires, Tome 2, Paris, Le Seuil, 1993.